Es dürfte eine roh gebaute kleine Kapelle gewesen sein. Mit der Christianisierung wurden die alten heiligen Städte in christliche Kirchen integriert. So auch diese Kapelle, man vermutet, dass der Chor der heutigen Kirche ein Überbleibsel dieser heiligen Städte ist, weil er einen recht unregelmäßig gebauten Bogen aufweist. Auch der Name „Nikolauskirche“ deutet auf ein hohes Alter hin. Der Turm zeigt romanische Stilelemente.
„Zweiflingen hatte eine Kyrche, die ist die älteste Kyrche, eine Mutter Kyrche, sie war noch erbauet von Hayden, darnach war sei zu dem Apost. Glauben sambt dem Heiligen Nikolaus eingeweiet worden ..." - Zitat aus der Urkunde, die bei der Renovierung des Turmknopfes der Zweiflinger Kirche gefunden wurde
